En 1076 el aragonés Sancho Ramírez pone cerco a la plaza de Cuenca sin poder conquistarla. En 1080 Yahyá al-Kadir pierde Toledo y el valí Said ben al-Farach le refugia en Cuenca celebrando el famoso Pacto de Cuenca por el que Alfonso VI recibe Zorita y otros castillos a cambio de ayuda militar, también se acuñan monedas. En 1088 el jefe militar conquense ben Zennun pacta con el rey de Zaragoza, al-Mostaín entregarle la fortaleza de Segorbe a cambio de ayuda militar contra el cerco impuesto en Valencia a al-Kadir. Como consecuencia de la derrota de Alfonso VI en Sagrajas el rey sevillano al-Mutamid aprovecha para adueñarse de Cuenca pero en 1091 los almorávides atacan Sevilla y el rey al-Mutamid envía a su nuera, la princesa Zaida, pidiendo ayuda al leonés Alfonso ofreciéndole a cambio, para su guarda y custodia, la ciudad de Cuenca entre otras plazas. En 1093 entra un destacamento de tropas cristianas. En las inmediaciones de Cuenca Alvar Fañez es derrotado en el verano de 1098 por el general almorávide ben Aisa. En 1108 Cuenca pasará al control de los almorávides y en 1144 el caid Abu Muhammad Abd Allah ben Fetah, al Tagri (el fronterizo) se rebela, al año siguiente, el 15 de Mayo, toma Murcia y se declara independiente.
